高效液相色譜分析柱的系統由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。儲液器中的流動相被高壓泵打入系統，樣品溶液經進樣器進入流動相，被流動相載入色譜柱（固定相）內，由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數, 在兩相中作相對運動時， 經過反復多次的吸附- 解吸的分配過程，各組分在移動速度上產生較大的差別，被分離成單個組分依次從柱內流出， 通過檢測器時，樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀，數據以圖譜形式打印出來。
柱結構：
一般色譜柱是由色譜柱管、末端接頭、卡套(又稱密封環)和過濾篩板等組成。
柱連接方式：
高效液相色譜分析柱柱接頭通過過濾片與色譜柱管連接，在色譜分析柱管的上下兩端安裝過濾片。過濾片一般用多孔不銹鋼燒結材料制成，過濾片上的孔徑小于填料顆粒直徑，可阻擋流動相中極小的機械雜質以保護色譜柱，但流動相可順利通過。柱入口和柱出口的連接管的死體積越小越好，一般常用窄孔(內徑0.13mm)厚壁(1.5～2mm)不銹鋼管，以減少柱外死體積。
柱規格：
—般采用直形柱管，標準填充柱柱管內徑為4.6mm或3.9mm，長10～50cm，填料粒度5～10um，柱效達5000～10000塊理論塔板/m。使用3～5um填料，柱長可減至5～10cm。當使用內徑為0.5～1mm的微孔填充柱或內徑為30～50um的毛細管柱時，柱長為15～50cm。
當使用粗內徑短柱或細內徑長柱時，應注意柱內體積減小，由柱外效應引起的色譜峰形展寬。柱外效應是指色譜柱之外的造成色譜峰展寬的因素，主要由進樣器、檢測器及它們與柱之間的連接管路所產生。此時應對進樣器、檢測器和連接接頭作特殊設計，以減少柱外死體積。
